El trazado que sigue el GR 48 por la provincia de Huelva se encuentra en su práctica totalidad incluido en los límites del Parque Natural de la Sierra de Aracena y Picos de Aroche. Un recorrido transversal por uno de los espacios naturales más singulares de Sierra Morena.
Parte de la localidad portuguesa de Barrancos, visita la Ermita de Nuestra Señora de las Flores, llegando a la localidad de Encinasola, que conserva dólmenes de la Edad de Bronce en las cercanías. Por su situación fronteriza también conserva sendos castillos e iglesias del siglo XVI. Santa Olalla de Cala es la última localidad de Huelva antes de entrar en tierras sevillanas, por el pueblo de El Real de la Jara.
El tramo sevillano del sendero GR 48 atraviesa el Parque Natural Sierra Norte de Sevilla. La diversidad de sus recursos naturales sólo es comparable a la riqueza cultural que encierran las acogedoras callejuelas de los pueblos de la serranía. Este magnífico tramo del sendero permite entender la estrecha comunicación entre la naturaleza y el hombre. Un espacio que se presenta como el máximo exponente del adjetivo sostenible.
En Sevilla, la variante circular del sendero, el GR 48.1, se inicia y finaliza en el cruce de caminos situado frente a la Casa de la Fundición. En este punto confluyen el río Rivera del Huéznar y los arroyos del Palo y de las Truchas.
La etapa de Puebla de los Infantes a Hornachuelos ejerce de puente entre las provincias de Sevilla y Córdoba. Ambas unidas por el río Retortillo, que sirve también de límite entre los Parques Naturales de Sierra Norte de Sevilla y Hornachuelos (Córdoba).
El sendero entra en la provincia de Córdoba por la localidad de Hornachuelos y el Parque Natural del mismo nombre y una de las zonas cinegéticas más importantes de Andalucía. Su trazado discurre entre sierra y el valle del Guadalquivir, utilizando desde vías pecuarias hasta carreteras asfaltadas de poco transito.
Tras un corto pero intenso paso por la Sierra de Andújar, el GR 48 desciende a la campiña para dirigirse a su punto final situado en Santa Elena, a las puertas de Despeñaperros. La etapa de Montoro a Marmolejo, sirve de unión entre las provincias de Córdoba y Jaén y discurre en su mayoría por la vía pecuaria Cordel de las Vacas Bravas, camino que se usa tradicionalmente como itinerario de peregrinación hacia el Santuario de la Virgen de la Cabeza, en la Sierra de Andújar. El sendero cruza tres importantes ríos: Martín Gonzalo, Corcomé y Yeguas, que descienden del cercano Parque Natural Sierra de Cardeña y Montoro.
La marcha continúa entre campos de olivares, y parajes dedicados al criadero de reses bravas. La última etapa de la Carolina a Santa Elena nos presenta una sorpresa en el tramo que se adentra en el paraje de la Aliseda, área recreativa en los límites del Parque Natural de Despeñaperros.