En Lizarrusti el GR 12 llega junto al GR 121 (Vuelta a Gipuzkoa) y siguen juntos para ascender hacia Igaratza.
Este sendero discurre a veces paralelo entre el GR 10 francés y el GR 11 español. Con este último, coincide en diversos lugares y etapas a lo largo de su recorrido por Navarra. Además, se han construido distintos anillos entre el GR 11, el GR 12 y los enlaces transpirenaicos (GRTs) que enlazan el GR 10 de la vertiente pirenaica norte (Francia) y el GR 11 de la vertiente sur.
En el collado de Lepoeder coincide, por jemplo, con el GRT 7 que lleva también al Camino de Santiago (GR 65). También confluye con el GRT 8, el GRT 9, el GRT 10 y el futuro GRT 11. En la novena y última etapa navarra, el GR 12 permite realizar travesías a Lescun o a Linza utilizando el GRT 12 y el GRT 13.